• facebook
  • linkedin
  • youtube

Pojav SARS-CoV-2 B.1.1.7 Linija

Združene države, 29. december 202012. januar 2021

Summer E. Galloway, dr. 1 ;Prabasaj Paul, PhD 1 ;Duncan R. MacCannell, dr. 2 ;Michael A. Johansson, PhD 1 ;

John T. Brooks, MD 1 ;Adam MacNeil, dr. 1 ;Rachel B. Slayton, dr. 1 ;Suxiang Tong, dr. 1 ;Benjamin J. Silk, dr. 1 ;Gregory L. Armstrong, MD 2 ;

Matthew Biggerstaff, ScD 1 ;Vivien G. Dugan, dr

15. januarja 2021 je bilo to poročilo objavljeno kot MMWRPredčasna objava na spletni strani MMWR (https://www.cdc.gov/mmwr).

14. decembra 2020 je Združeno kraljestvo poročalozaskrbljujoča različica SARS-CoV-2 (VOC), linija B.1.1.7,imenovan tudi VOC 202012/01 ali 20I/501Y.V1.*Različica B.1.1.7 naj bi se pojavila septembra2020 in je hitro postala prevladujoča v obtokuRazličica SARS-CoV-2 v Angliji (1).B.1.1.7 je bilodkrili v več kot 30 državah, vključno z ZDA.Kotz dne 13. januarja 2021 je imelo približno 76 primerov B.1.1.7odkrili v 12 zveznih državah ZDA.Več vrstic dokazovkažejo, da se B.1.1.7 prenaša učinkoviteje kot sodruge različice SARS-CoV-2 (13).Modelirana trajektorijata različica v ZDA kaže hitro rast v začetku leta 2021,marca postane prevladujoča različica.PovečanaPrenos SARS-CoV-2 lahko ogrozi obremenjeno zdravstveno oskrbovirov, zahtevajo razširjeno in strožje izvajanjestrategij javnega zdravja (4) in povečati odstotekpopulacijska imunost, potrebna za obvladovanje pandemije.Jemanjeukrepi za zmanjšanje prenosa zdaj lahko zmanjšajo potencialvpliva B.1.1.7 in omogoči kritičen čas za povečanje vakcinecija pokritost.Skupaj izboljšan genomski nadzorskupaj z nadaljnjo skladnostjo z učinkovito javnostjozdravstveni ukrepi, vključno s cepljenjem, fizično distanco,uporabo mask, higieno rok ter izolacijo in karanteno, bodobistvenega pomena za omejevanje širjenja virusa SARS-CoV-2ki povzroča koronavirusno bolezen 2019 (COVID-19).Strateškotestiranje oseb brez simptomov, vendar z večjim tveganjem zaokužbe, kot so tisti, ki so bili izpostavljeni SARS-CoV-2 ali sopogost neizogiben stik z javnostjo, zagotavlja drugopriložnost za omejitev nadaljnjega širjenja.

Globalni genomski nadzor in hitra odprtokodna izmenjavazaporedja virusnega genoma je omogočilo skoraj realni časodkrivanje, primerjava in sledenje razvijajočemu se SARS-CoV-2različice, ki lahko prispevajo k prizadevanjem javnega zdravja za nadzorpandemija.Nekatere mutacije v virusnem genomupojavijo in se nato umaknejo, lahko drugi dodelijo selektivni napredekrazličici, vključno z izboljšano prenosljivostjo, tako datakšna različica lahko hitro prevlada nad drugimi krožečimi različicami.

Na začetku pandemije so različice SARS-CoV-2 vsebovalemutacija D614G v proteinu spike (S), ki se povečaavidnost vezave na receptorje je pri mnogih hitro postala prevladujočageografske regije (5,6).Pozno jeseni 2020 je več držav poročalo o odkrivanjuRazličice SARS-CoV-2, ki se učinkoviteje širijo.Poleg tegado različice B.1.1.7, pomembne različice vključujejo B.1.351linija, ki je bila prvič odkrita v Južni Afriki in nedavno identificiranaB.1.1.28 podrazred (preimenovanP.1) odkrili pri štirih popotnikihiz Brazilije med rutinskim pregledom v Hanedi (Tokio)letališče.§ Te različice nosijo konstelacijo genetske mutevključno z domeno, ki veže receptorje proteina S,ki je bistven za vezavo angiotenzina na gostiteljsko celicopretvarjanje receptorja za encim-2 (ACE-2) za spodbujanje virusavstop.Dokazi kažejo, da so v teh odkrite druge mutacijerazličice lahko zagotovijo ne le večjo prenosljivost, ampaklahko vpliva tudi na delovanje nekaterih diagnostičnih sistemov v realnem časuobratno prepisovanjeverižna reakcija s polimerazo (RT-PCR)testiin zmanjšajo občutljivost za nevtralizirajoča protitelesa(2,3,510).Nedavno poročilo o primeru je dokumentiralo prvi primerPonovna okužba SARS-CoV-2 v Braziliji z različico SARS-CoV-2ki je vseboval mutacijo E484K,** kar je bilo dokazanoza zmanjšanje nevtralizacije z rekonvalescenčnimi serumi in monoklonskimiprotitelesa (9,10).

To poročilo se osredotoča na pojav različice B.1.1.7v Združenih državah.Od 12. januarja 2021 nitiB.1.351 niti različice P.1 niso bile odkrite vZdružene države.Za informacije o nastajajočem SARS-CoV-2skrb vzbujajočimi različicami, CDC vzdržuje spletno stran, ki je namenjenazagotavljanje informacij o nastajajočih različicah SARS-CoV-2.††

 B.1.1.7 linija (20I/501Y.V1)

Različica B.1.1.7 nosi mutacijo v proteinu S(N501Y), ki vpliva na konformacijo vezave na receptordomena.Ta različica ima 13 drugih B.1.1.7 mutacij, ki določajo rod (tabela), od katerih jih je več v proteinu S,vključno z izbrisom na mestih 69 in 70 (del6970) tose je spontano razvil v drugih različicah SARS-CoV-2 in jedomnevajo, da povečujejo prenosljivost (2,7).Izbrisna položajih 69 in 70 povzroči odpoved tarče S-gena (SGTF)v vsaj enem RT-PCRdiagnostični test (tj. zThermoFisher Taq Path COVID-19 test, B.1.1.7 variant in druge različice z del6970 ustvari negativrezultat za tarčo S-gena in pozitiven rezultat za druga dvatarče);SGTF je deloval kot pooblaščenec v Združenem kraljestvuza prepoznavanje primerov B.1.1.7 (1).Več vrstic dokazov kaže, da je B.1.1.7 večučinkovito prenaša v primerjavi z drugimi virusi SARS-CoV-2različice, ki krožijo v Združenem kraljestvu.Regije Združenega kraljestva zvečji delež sekvenc B.1.1.7 je imel hitrejšo epidemijodiagnoze SGTF povečale kot na drugih področjihhitreje kot diagnoze brez SGTF na istih področjih in avečji delež stikov so okužili indeksni bolnikiz B.1.1.7 okužbami kot po indeksnih bolnikih, okuženih zdruge variante (1,3).Različica B.1.1.7 ima potencial za povečanje obsega ZDAdemično pot v prihodnjih mesecih.Za ponazoritev tega učinka,razvit je bil preprost, dvovariantni predelni model.Trenutna razširjenost B.1.1.7 v ZDA med vsemi krožečimivirusov ni znan, vendar naj bi bil <0,5 % na podlagiomejeno število odkritih primerov in podatki SGTF (8).Zamodel, začetne predpostavke so vključevale prevalenco B.1.1.70,5 % med vsemi okužbami, imunost proti SARS-CoV-2predhodna okužba 10 %30 %, časovno spremenljivo razmnoževanještevilo (R t ) 1,1 (zmanjšan, vendar naraščajoč prenos)ali 0,9 (zmanjšanje prenosa) za trenutne različice in poročajo o incidenci 60 primerov na 100.000 oseb na dan na1. januar 2021. Te predpostavke ne predstavljajo natančnokatera koli posamezna lokacija v ZDA, temveč nakazujejo posplošitevrazmere, ki so običajne po vsej državi.Sprememba R t nadčas, ki je posledica pridobljene imunosti in naraščajoče prevalenca B.1.1.7, je bila modelirana s predpostavko B.1.1.7 R tnaj bo konstanta 1,5-kratnik R t trenutnih različic na podlagiprve ocene iz Združenega kraljestva (1,3).Nato je bil modeliran potencialni vpliv cepljenjaob predpostavki, da je bilo danih 1 milijon odmerkov cepiva nadan, ki se začne 1. januarja 2021, in to 95-odstotno imunitetoje bil dosežen 14 dni po prejemu 2 odmerkov.Natančneje,imunost proti okužbi s trenutnimi različicami aliPredpostavljena je bila različica B.1.1.7, čeprav učinkovitost intrajanje zaščite pred okužbo ostaja negotova,ker to ni bila primarna končna točka kliničnih preskušanjza začetna cepiva.V tem modelu je razširjenost B.1.1.7 na začetku nizka, vendar zato, kerje bolj prenosljiv kot trenutne različice, kažehitra rast v začetku leta 2021 in postala prevladujoča varimravlja v marcu (slika 1).Ali prenos tokavariant narašča (začetni R t = 1,1) ali počasi pada(začetni R t = 0,9) januarja, B.1.1.7 povzroči znatno spremembov trajektoriji prenosa in novo fazo eksponentnegarast.S cepljenjem, ki ščiti pred okužbo, sezgodnje poti epidemije se ne spremenijo in B.1.1.7 širijoše vedno pojavlja (slika 2).Vendar pa potem, ko B.1.1.7 postaneprevladujočo različico, je bil njen prenos bistveno zmanjšan.Učinek cepljenja na zmanjšanje prenosa v bližnjiizraz je bil največji v scenariju, v katerem je bil prenosže padajo (začetni R t = 0,9) (slika 2).Zgodnja prizadevanja, kilahko omeji širjenje različice B.1.1.7, kot je univerzalna invečja skladnost s strategijami za zmanjšanje javnega zdravja,bo omogočilo več časa za tekoče cepljenje za doseganje višjihimunost na populacijski ravni.

Diskusija

Trenutno ni znanih razlik v kliničnih rezultatihpovezana z opisanimi različicami SARS-CoV-2;vendar,višja stopnja prenosa bo povzročila več primerov, kar bo povečaloskupno število oseb, ki potrebujejo klinično oskrbo, exacerzmanjševanje bremena že tako obremenjenega zdravstvenega sistema,in posledično več smrti.Nadaljevanje genomskega nadzoraza identifikacijo primerov B.1.1.7, kot tudi pojav drugihvariante skrbi v Združenih državah, je pomembno zaOdziv javnega zdravja na COVID-19.Medtem ko rezultati SGTFlahko pomaga prepoznati možne primere B.1.1.7, ki jih je mogoče potrditis sekvenciranjem identificirajo prednostne različice, ki se ne pokažejoSGTF se zanaša izključno na nadzor na podlagi zaporedja.

 

 

 

Oznaka variante

Prva identifikacija  

Značilne mutacije

(protein: mutacija)

Št. primerov, potrjenih s trenutnim zaporedjem št

države z

zaporedja

Lokacija Datum Združene države Po vsem svetu  
B.1.1.7 (20I/501Y.V1) Združeno kraljestvo september 2020 ORF1ab: T1001I, A1708D, I2230T,

del36753677 SGF

S: del6970 HV, del144 Y, N501Y,

A570D, D614G, P681H, T761I,

S982A, D1118H

ORF8: Q27stop, R52I, Y73C

N: D3L, S235F

76 15.369 36
B.1.351 (20H/501Y.V2) Južna Afrika oktober 2020 ORF1ab: K1655N

E: P71L

N: T205I

S:K417N, E484K, N501Y, D614G,

A701V

0 415 13

 

P.1 (20J/501Y.V3 Brazilija in Japonska januar 2021 ORF1ab: F681L, I760T, S1188L,

K1795Q, del36753677 SGF, E5662D

S: L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S,

K417T, E484K, N501Y, D614G,

H655Y, T1027I

ORF3a: C174G

ORF8: E92K

ORF9: Q77E

ORF14: V49L

N: P80R

0 35 2

 

Okrajšave: del = brisanje;E = ovojni protein;N = nukleokapsidni protein;ORF = odprt bralni okvir;S = spike protein.

Izkušnje v Združenem kraljestvu in modeli B.1.1.7predstavljeni v tem poročilu ponazarjajo vpliv na bolj nalezljivolahko vpliva na število primerov v populaciji.Thepovečana prenosljivost te različice zahteva še večrigorozno kombinirano izvajanje cepljenja in mitigeukrepi (npr. distanciranje, maskiranje in higiena rok)za nadzor širjenja SARS-CoV-2.Ti ukrepi bodoučinkovitejši, če se uvedejo prej kot poznejeza upočasnitev začetnega širjenja različice B.1.1.7.Prizadevanja zapripraviti sistem zdravstvenega varstva na nadaljnje poraste primerovupravičeno.Povečana transmisivnost pomeni tudi, da višjaje treba doseči pričakovano precepljenostdoseči enako raven nadzora bolezni za zaščito javnostiv primerjavi z manj prenosljivimi različicami.V sodelovanju z akademskimi, industrijskimi, državnimi, teritorialnimi,plemenski in lokalni partnerji, CDC in druge zvezne agencijeusklajuje in izboljšuje genomski nadzor inprizadevanja za karakterizacijo virusa v ZDA.CDCusklajuje prizadevanja ZDA za določanje zaporedja prek SARS-CoV-2Zaporedje za odziv na nujne primere javnega zdravja,Epidemiologija in nadzor (SPHERES)§§konzorcij,ki vključuje približno 170 sodelujočih ustanov in spodbuja odprto izmenjavo podatkov za lažjo uporabo SARS-CoV-2podatke o zaporedju.Za sledenje evoluciji virusa SARS-CoV-2 je CDCizvajanje večplastnega genomskega nadzora za razumevanjeepidemioloških, imunoloških in evolucijskih procesovki oblikujejo virusne filogenije (filodinamika);vodnik izbruhpreiskave;ter olajša odkrivanje in karakterizacijomorebitnih ponovnih okužb, primerov preboja cepiva innastajajoče virusne različice.Novembra 2020 je bil ustanovljen CDCnacionalni program za nadzor seva SARS-CoV-2 (NS3).izboljšati reprezentativnost domačega SARS-CoV-2zaporedja.Program sodeluje s 64 ameriškimi javnostmizdravstveni laboratoriji za podporo sistemu genomskega nadzora;NS3 gradi tudi zbirko vzorcev SARS-CoV-2 and zaporedja za podporo odziva javnega zdravja in znanstvenegaraziskave za oceno vpliva zadevnih mutacij naobstoječe priporočene medicinske protiukrepe.CDC imasklenil tudi pogodbo z več velikimi komercialnimi kliničnimi laboratorijitorije za hitro zaporedje več deset tisoč SARS-CoV-2pozitivnih vzorcev vsak mesec in je financiral sedem akademskihinstitucije za izvajanje genomskega nadzora v partnerstvuz agencijami za javno zdravje, s čimer se znatno povečarazpoložljivost pravočasnih podatkov o genomskem nadzoru z vseh straniZdružene države.Poleg teh nacionalnih pobud,številne državne in lokalne agencije za javno zdravje izvajajo zaporedje

SLIKA 1. Simulirane trajektorije pojavljanja primerov* trenutnih različic SARS-CoV-2 in različice B.1.1.7,ob predpostavki, da ni cepljenja v skupnostiin začetni R t = 1,1 (A) ali začetni R t = 0,9 (B) za trenutne različiceZdružene države, januarapril 2021

 

slika 1
slika 2
okrajšave
slika 1

SARS-CoV-2 za boljše razumevanje lokalne epidemiologije inpodpreti odziv javnega zdravja na pandemijo.Za ugotovitve v tem poročilu veljajo vsaj tri omejitvetacij.Prvič, obseg povečanja prenosljivostiv Združenih državah v primerjavi s tistim, opaženim vZdruženo kraljestvo ostaja nejasno.Drugič, razširjenostB.1.1.7 v Združenih državah prav tako trenutno ni znan, vendarizboljšalo se bo odkrivanje različic in ocena razširjenostiz okrepljenim nadzorom ZDA.Za konec še lokalni mitigacijski ukrepi so tudi zelo spremenljivi, kar vodi do variacij vR t.Posebni rezultati, predstavljeni tukaj, temeljijo na simulacijiin predvidevajo, da po 1. januarju ne bo sprememb ublažitev.Povečana prenosljivost vojne različice B.1.1.7se zavzema za dosledno izvajanje strategij javnega zdravjazmanjšati prenos in zmanjšati potencialni vpliv B.1.1.7,kupovanje kritičnega časa za povečanje precepljenosti.CDC-jipodatki modeliranja kažejo, da univerzalna uporaba in povečana kompliomilitveni ukrepi in cepljenje so ključnega pomenaznatno zmanjšati število novih primerov in smrti vprihajajočih mesecih.Nadalje strateško testiranje oseb brezsimptomov COVID-19, vendar so izpostavljeni povečanemu tveganju zaokužbo s SARS-CoV-2, ponuja še eno priložnost zaomejitev tekočega širjenja.Skupaj izboljšan genomski nadzorv kombinaciji z večjo skladnostjo z javnim zdravjemomilitvene strategije, vključno s cepljenjem, fizično distancouporaba mask, higiena rok ter izolacija in karantena,bo bistveno za omejevanje širjenja SARS-CoV-2 invarovanje javnega zdravja.

Zahvala

Člani Sequencing for Public Health EmergencyKonzorcij za odziv, epidemiologijo in nadzor;državni in lokalnijavnozdravstveni laboratoriji;Združenje laboratorijev za javno zdravje;Odzivna ekipa CDC COVID-19;Oddelek za respiratorne viruse,Oddelek za virusne bolezni, CDC. Obrazec Odbora urednikov medicinskih revij za razkritje potencialnihnasprotja interesov.Možna nasprotja interesov niso bila razkrita.

Reference

1. Javno zdravje Anglije.Preiskava nove različice SARS-CoV-2: zaskrbljujoča različica 202012/01, tehnični briefing 3. London, Združeno kraljestvo: Public Health England;2020. https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/950823/Variant_of_Concern_VOC_202012_01_Technical_Briefing_3_-_England.pdf
2. Kemp SA, Harvey WT, Datir RP, et al.Ponavljajoč se pojav in prenos delecije konice SARS-CoV-2 ΔH69/V70.bioRxiv [Predtisk objavljen na spletu 14. januarja 2021].https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.14.422555v4
3. Volz E, Mishra S, Chand M, et al.Prenos SARS-CoV-2 linije B.1.1.7 v Angliji: vpogled v povezovanje epidemioloških in genetskih podatkov.medRxiv [Predtisk objavljen na spletu 4. januarja 2021].https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.30.20249034v2
4. Honein MA, Christie A, Rose DA, et al.;Odzivna ekipa CDC COVID-19.Povzetek smernic za strategije javnega zdravja za obravnavo visokih stopenj prenosa SARS-CoV-2 in povezanih smrti v skupnosti, december 2020. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 2020;69:1860–7.PMID:33301434 https://doi.org/10.15585/mmwr.mm6949e2
5. Volz E, Hill V, McCrone JT, et al.;Konzorcij COG-UK.Vrednotenje učinkov konične mutacije SARS-CoV-2 D614G na prenosljivost in patogenost.Cell 2021; 184: 64–75.e11.PMID:33275900 https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.11.020
6. Korber B, Fischer WM, Gnanakaran S, et al.;Sheffieldska skupina za genomiko COVID-19.Sledenje spremembam v skoku SARS-CoV-2: dokaz, da D614G poveča nalezljivost virusa COVID-19.Celica
2020; 182: 812–27.PMID:32697968 https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.06.043
7. McCarthy KR, Rennick LJ, Namnulli S, et al.Naravni izbrisi v konici glikoproteina SARS-CoV-2 poganjajo pobeg protiteles.bioRxiv [Predtisk objavljen na spletu 19. novembra 2020].https://www.biorxiv.org/content/
10.1101/2020.11.19.389916v18.Washington NL, White S, Schiabor KM, Cirulli ET, Bolze A, Lu JT.S vzorci osipa genov v testih SARS-CoV-2 kažejo na širjenje mutacije H69del/V70del v ZDA.medRxiv [Predtisk objavljen na spletu 30. decembra 2020].https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.24.20248814v1
9. Weisblum Y, Schmidt F, Zhang F, et al.Pobeg pred nevtralizirajočimi protitelesi s pomočjo koničastih proteinskih različic SARS-CoV-2.eLife 2020;9:e61312.PMID:33112236 https://doi.org/10.7554/eLife.61312
10. Greaney AJ, Loes AN, Crawford KHD, et al.Izčrpno kartiranje mutacij v vezavni domeni receptorja SARS-CoV-2, ki vplivajo na prepoznavanje s poliklonskimi človeškimi serumskimi protitelesi.bioRxiv [Predtisk objavljen na spletu 4. januarja 2021].https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.31.425021v1


Čas objave: 11. februarja 2021